脚底部长了水疱的处理分为2方面，一方面针对水疱病因进行处理，另一方面针对水疱本身进行处理，具体内容如下：
一、针对水疱病因：
1、水疱型脚癣：比较常见，由脚底部真菌感染引起，可以出现脚底部的多发性小水疱，伴有明显瘙痒，主要是抗真菌药物进行治疗，比如达克宁(硝酸咪康唑乳膏)、美克(联苯苄唑乳膏)、兰美抒(盐酸特比萘芬)乳膏等；
2、湿疹、汗疱疹：也可以引起脚底部出现水疱、瘙痒，主要是进行抗过敏治疗，比如使用派瑞松(曲安奈德益康唑乳膏)、艾洛松(糠酸莫米松)乳膏或者口服氯雷他定等进行治疗；
3、其他原因：脚底部还可以因为机械摩擦导致水疱，或者基础疾病比如大疱性表皮松解症、类天疱疮等引起水疱，主要是使用激素类或者相应的免疫抑制治疗。
二、针对水疱本身：
1、小水疱：通常可以不做特殊处理，主要是针对病因治疗，水疱会逐渐干涸、吸收、脱屑，恢复正常；
2、大水疱：在局部消毒之后用无菌注射器把水疱疱液抽吸，局部外用碘伏等消毒灭菌，或者适当用纱布包扎，可以促进局部大水疱尽早痊愈。