肠结核好发于回肠末端以及盲肠。由于食物进入到肠道中，在回肠末端停留的时间最长，所以如果有肠结核感染，那么肠结核的细菌在此处停留的时间最长，所以也是肠结核最容易发病的地方。
但其实肠结核不仅累及于回肠末端，在不典型的部位，比如食道、小肠以及结肠的其他部位，都可能出现肠结核的表现。肠结核的内镜表现为，溃疡往往呈环形分布，而且溃疡之间有可能可以看见正常的黏膜，往往会累及回盲瓣，导致回盲瓣变形，甚至可以成为鱼嘴样开口，不容易闭合。
诊断肠结核，主要通过内镜下的表现，以及抽血化验，比如结核抗体阳性，以及TB-SPOT阳性， 都提示结核杆菌感染。
在这种情况下，如果不能鉴别是肠结核，还是其他疾病，比如克罗恩病引起的肠道溃疡，此时运用试验性的抗痨治疗，也是一种诊断方式。因为如果是肠结核，给予积极的抗痨治疗，往往2-3个月溃疡就能明显好转。