褪黑素对胃是没有很大伤害，褪黑素是正常松果体分泌的一种帮助睡眠、调节情绪的激素类物质。正常人体分泌的褪黑素都是够用，但当随着年龄的增长，松果体会逐渐萎缩，有些老年人缺乏褪黑素，而导致慢性失眠，此时服用褪黑素以及褪黑素相关受体激动剂，如阿戈美拉汀等比较适合，而且比较安全。
褪黑素毒副作用非常小，也不排除有极个别的人服用完之后，有胃肠道反应，大概在服药大概2-3周之后，症状自然就消失，也有部分患者服用褪黑素之后，总觉得胃里特别不舒服，烧心、难受，此时不一定都是褪黑素导致，也可能有些患者除了失眠之外，还有 严重的焦虑和躯体化障碍，所以对药物处在高敏状态，此时可能需要联合使用其他助消化、改善胃肠道不适症状的药物，包括一些其他的抗焦虑药物，对于失眠更好，毒副作用也更小，患者的依从性也更好。