引起蛀牙的主要因素是细菌，口腔中存在的细菌种类较多，数量也较多，例如溶血链球菌、乳酸杆菌，黏附牙面上形成菌斑，菌斑下会发生龋齿。当刷牙不彻底的时候，食物残渣停留在牙面上，细菌就会利用食物残渣发酵、产酸，细菌产生的酸直接溶解牙齿，造成牙齿硬组织脱钙。
同时细菌还会产生酶类，例如蛋白分解酶，分解牙釉质、牙本质中的有机物，造成有机物破坏分解，当牙釉之中的钙丢失，同时有机物分解时，就会造成牙体组织缺损。
因此，蛀牙的发生，主要是由于细菌利用食物，特别是碳水化合物，例如糖类、饼干、面包等，此类食物比较细、比较黏，更容易黏附在牙齿上，有利于菌斑形成。另外，碳酸饮料、碳酸氢饮料，例如可乐可破坏牙齿，引起牙齿组织脱钙，造成牙齿缺损形成龋齿。