慢性萎缩性胃炎喝咖啡通常没有不好影响，其主要是跟幽门螺杆菌感染有关，且跟幽门螺杆菌持续的感染有关。由于幽门螺杆菌持续存在而会分泌多种毒素，对胃黏膜、上皮细胞及胃黏膜内腺体造成一定的损伤和破坏。
在这个持续的破坏中会使黏膜的修复过程出现某些异常，进而导致腺体的萎缩、减少及上皮损伤，如在萎缩时还伴有肠化、不典型增生等，这的病理改变和咖啡没有直接关系。
咖啡主要的含有成分是咖啡因，而咖啡因主要作用是兴奋神经系统，使交感神经有一定程度的兴奋，兴奋后有可能会影响胃酸及胃肠激素的分泌，而可能会有胃酸或胃内部分激素分泌的轻度增加，这种增加通常不会影响到萎缩的行程以及进展，所以喝咖啡通常不会使萎缩性胃炎加重或导致萎缩性胃炎。
所以，萎缩性胃炎和咖啡间没有比较明确的联系，如果有萎缩性胃炎，则需要明确有无幽门螺杆菌的感染，有则要积极进行清除治疗，而喝咖啡通常没有明显影响。