儿童在大便时小腹疼痛，首先区分大便性状、平时发作是急性期发作、有无腹泻等情况。如果腹泻引起小腹疼痛，考虑是肠痉挛、胃肠功能紊乱引起；平时一直便秘，经常性大便无法排出，甚至经常应用开塞露的便秘儿童，引起小腹疼痛的原因一般有肠胀气，肠功能紊乱，主要治疗便秘，小腹疼痛也会明显好转。
部分儿童无便秘，也未进食变质食物，平时大便前出现腹部痛，大便往往不成形，甚至有时是水样便、大便伴有泡沫、小腹疼痛，考虑是肠易激征，肠易激征原因较复杂，和肠道受体功能、肠神经分布有关，因为肠道受脑支配，如果大脑发出冲动进入肠道，受体功能差 也会表现为腹部疼痛的症状，引起异常肠痉挛，表现为小腹疼痛。