胃间质瘤通常不会导致后背痛，因小胃间质瘤不会存在明显症状，即使后续胃间质瘤长大，也仅会引起一些腹部包块、腹部胀痛等症状。胃间质瘤不同于胃癌与胰腺癌，因胃癌在进展期或晚期时候，可能会因腹主动脉旁淋巴结转移，压迫腹主动脉旁周围神经，引起腰背痛，而胰腺癌在进展之后，肿瘤侵犯到腹主动脉旁神经，也可能会引起后背痛，但胃间质瘤不会。胃间质瘤通常是局部生长，不会引起淋巴结转移，更不会引起腹主动脉旁周围淋巴结转移，所以不会存在后背痛症状。
如果胃间质瘤患者出现腰背部疼痛，也要进行进一步检查，排除其它疾病或合并其它疾病可能，以免误诊 。