治疗红斑狼疮性肾炎比较常见药物有糖皮质激素、环磷酰胺、环孢素、硫唑嘌呤、来氟米特等。治疗分为诱导缓解阶段和维持缓解阶段，在诱导缓解阶段，常是糖皮质激素联合环磷酰胺，或者是糖皮质激素联合吗替麦考酚酯作为诱导缓解治疗用药。在维持缓解治疗阶段，常选用激素加上环磷酰胺，或者是把环磷酰胺转换成吗替麦考酚酯或者是硫唑嘌呤。
另外，还要控制并发症高血压、血脂。长期使用糖皮质激素，患者容易出现骨质疏松，所以要补钙，要使用维生素D。甚至还要用抗骨质疏松的药物，也就是双膦酸盐。在治疗中要避免使用影响肾脏，导致肾毒性的药物，而且还要防治感染。