肠结核好发于回盲部，占80%-90%，其余依次为升结肠、回肠、空肠、阑尾、横结肠、降结肠、十二指肠、乙状结肠及直肠。回盲部结核发生率高可能与以下原因有关：
1、含结核分枝杆菌的肠内容物，在回盲部停留时间较久，增加局部肠黏膜感染机会；
2、结核分枝杆菌容易侵犯淋巴组织，回盲部存在丰富淋巴组织，因此回盲部成为肠结核好发部位。
结核分枝杆菌进入肠道后，会定居于肠黏膜腺体深部，由吞噬细胞带到黏膜下层，在集合淋巴结和孤立淋巴滤泡中形成特异性病变。结核病发展是人体和结核分枝杆菌相互作用的结果，经上述途径获得感染仅是致病条件，只有 在人体免疫功能低下、肠功能紊乱造成局部抵抗力减弱时才会发病。