横纹肌肉瘤是软组织肉瘤中较常见的类型，由发育异常的早期肌肉细胞发展而来，通常由基因变异引起。目前研究证实，已知的基因变异情况只能解释较少病例，多数病例仍然没有明确的发病原因。横纹肌肉瘤起源于横纹肌母细胞，当横纹肌母细胞分裂增殖过程中出现异常，可能发展成横纹肌肉瘤。横纹肌肉瘤是儿童软组织肉瘤中最常见的一种恶性肿瘤的类型，可以发生于身体各个部位，最常见的是头颈部、四肢、泌尿生殖器官等，可以分为胚胎型横纹肌肉瘤、腺泡状横纹肌肉瘤、多形型或渐变型横纹肌肿瘤。
目前已知某些 特定基因或染色体变异，与横纹肌肉瘤的发病有关，如部分胚胎型的横纹肌肉瘤存在11号染色体杂合缺失，部分腺泡状的横纹肌肉瘤中存在有染色体的移位，还有部分横纹肌肉瘤与TP53基因突变有关。而部分遗传疾病与先天性综合征，也和横纹肌肉瘤的发病风险增高有关，但是这些遗传或先天风险十分罕见，不代表患有此类遗传疾病一定会患横纹肌肉瘤。