胆总管结石有可能自行排出，但多数还是要借助治疗的方法，包括外科手术或内镜将结石取出。胆总管结石在胆管内，可以在胆管的中部，也可以在胆管的下端，但胆管是一个上粗下窄的管道结构,结石越往下走，实际上就越容易卡住胆总管，只有较小的胆管结石，才有可能排出。
多数的胆管结石，会停留在胆总管内，引起胆管的扩张或黄疸，患者会表现为腹痛、发热等症状。胆管下段Oddi括约肌可以舒张，多数处于收缩状态，而胆管结石也有可能卡在胆管开口部位，患者症状会更加明显。若患者有症状，通过影像学检查，提示胆管结石的存在，一般建议通过外科手术或内镜，将结石取出，而胆管结石自行排出的可能性较小。胆管结石一旦出现胆道梗阻，合并胆管炎甚至引起胰腺炎，对于患者的生命健康，会产生严重威胁。