胚胎配成率低的原因可能是卵子或者精子的质量问题，或者基因问题，还有可能是外界环境因素影响，具体如下：
1、受精率低：如果精卵结合发生较少，即使将精子和卵子放在一起，或者通过第二代试管技术将一个单精子放入卵胞浆内强行受精，但受精率仍然低。受精率低的原因，目前研究显示也是精子或卵子的基因问题，或者卵子质量较差，精子质量较差或数量较少，都可能造成受精率低；
2、优质胚胎少：虽然精卵受精，但最后形成的优质胚胎较少。比如取二十个卵，受精成功十几个，但最后获得的可以利用的胚胎数目较少，甚至有人取了很多卵，最后却没有可用的胚胎。