甲沟炎一般是细菌感染导致的局部炎症，但是有一类特殊的真菌性甲沟炎，通常与患者本身有脚气，即灰指甲，出现真菌性感染，从而导致有关。但真菌性甲沟炎，通常不单纯是真菌性感染，同时混合有部分细菌感染，但以真菌感染为主要表现，同时在治疗过程中，需要配合抗真菌治疗方式。甲沟炎容易复发，绝大多数均是细菌性感染，但是少部分，由于有脚气、灰指甲存在，同时出现真菌性感染。
真菌性甲沟炎特点，并不是以红、肿、痛为主要表现，而是以甲床破坏，指甲如灰指甲一样的干枯、脱屑，局部也混合有部分感染红、肿，但是没有细菌性感染甲沟炎 典型，通常出现指甲增生、增厚，凸起非常明显。针对真菌性甲沟炎，一般与治疗细菌性甲沟炎有所不同，需要抗真菌药物治疗，包括口服、外擦抗真菌药物。由于口服抗真菌药物，通常具有比较强的肝肾功能损害，所以需要定期复查血常规、肝肾功能，再配合使用抗真菌药物，同时一般选择拔甲治疗，因为增生、增厚指甲，会影响外用抗真菌药物起效。
一般针对真菌性甲沟炎，除彻底引流与矫正之外，还需要做到将指甲拔除。因为拔除后甲床外露，可以充分使用抗真菌药膏，可以在甲床和甲周围较好控制真菌。但是值得注意真菌甲沟炎，通常也有少部分细菌感染，控制真菌同时，也需要注意使用常见甲沟炎的治疗方法，包括碘剂，局部黏膜消毒，或者局部护理，综合治疗对预防、复发、彻底治愈起着非常重要作用。