棒状杆菌属于一大类细菌，包括多种棒状杆菌，不同的棒状杆菌感染，临床选择的药物有所区别。具体如下：
1、白喉杆菌感染：选的抗菌素是青霉素，可以肌肉注射，也可以静脉点滴，如果对青霉素过敏，可以选择大环内酯类的药物，其中阿奇霉素、罗红霉素可以用于棒状杆菌的感染；
2、假白喉杆菌、假结核杆菌感染：除白喉杆菌外，其它棒状杆菌临床感染的几率较低，但偶尔可能会出现，比如假白喉杆菌、假结核杆菌引起的感染，可以选择青霉素进行治疗，如果过敏可以应用大环内酯类的药物；
3、JK棒状杆菌感染：主要引起感染性心内膜炎，一般对于常见的抗菌药物耐药，可以选择万古霉素治疗；
4、分解尿素的棒状杆菌感染：可以感染老年人、免疫功能低下人群，引起泌尿系统感染，通常选择万古霉素治疗，此类棒状杆菌对于常见的青霉素类、头孢类的药物耐药；
5、纹状体棒状杆菌感染：此种棒状杆菌也同样对于常用的抗菌药物耐药，一般会选择万古霉素、环丙沙星治疗。