肾结石不属于重大疾病，通常不会在短期内导致患者出现生命危险，但肾结石也可能会威胁患者的生命与健康。若患者的结石体积较大且引起反复感染，手术出血风险较高，则会对患者的健康与生命造成较大的威胁。若患者的对侧肾脏已经无功能，而健侧肾脏又出现较多或较大的肾结石，则需要进行紧急治疗。若健侧肾脏的肾功能丧失，两侧肾脏均出现功能减退，则会导致患者肌酐升高、肾功能减退或衰竭，甚至发展为尿毒症。
所以肾结石虽然属于缓慢发展的疾病，短期内不会危及患者生命，但较大的结石仍难以进行处理，属于临床上 处理较棘手的疾病。通过手术通常无法一次性将结石取净，即使取净也可能会在短期内复发。所以在治疗结石时，通常需要临床医生与患者共同努力并做好预防，以免结石反复发作。