龟头下面有小疙瘩的常见原因如下：
1、扁平疣：会在龟头冠状沟表面形成疣样改变，常常不伴有疼痛或瘙痒。龟头下面有扁平疣时，可以在皮肤性病科做液氮冷冻治疗，治疗后扁平疣症状会明显好转；
2、龟头珍珠疹：会在龟头冠状沟表面形成一圈小颗粒改变，表面呈乳白色、淡白色或淡红色，呈小疙瘩改变，彼此独立排列，不伴有疼痛或瘙痒。龟头下面长珍珠疹时常常不需要治疗，为正常生理现象，多数病人在50岁以后龟头珍珠疹会自行消退；
3、尖锐湿疣：会在龟头冠状沟表面形成乳头状或菜花样小疙瘩改变，表面发白，触碰时容易出血，常常 不伴有疼痛或瘙痒。龟头下长尖锐湿疣，在做醋酸试验时常呈阳性反应，病人应当及时到皮肤性病科做进一步治疗。通过液氮冷冻治疗或激光治疗后配合抗病毒治疗，多数病人龟头尖锐湿疣症状会明显好转。