一般情况下，幽门螺杆菌一旦感染不会自愈。但是也有人认为少部分婴幼儿在幽门螺杆菌感染后可能会自愈，是由于随着年龄增长及免疫系统逐渐完善，可能有部分会自动清除，即自愈。幽门螺杆菌一旦感染，会造成胃黏膜炎症，胃黏膜会从最初的浅表性胃炎，逐步发展成萎缩性胃炎，继而出现肠上皮化生、异型增生，有部分人会发展到胃癌。因此，幽门螺杆菌感染以后，如果不存在明显的抗衡因素，应该进行根除治疗。但是在临床上也观察到，有部分患者之前幽门螺杆菌检测是阳性，但是没有经过任何治疗，在后来的检测中又发现幽门螺杆菌是阴性，此情况下常存在以下原因：
1、检测方法是否准确：部分数值处于边界状态，可能就不会准确，因此如果检测出现异常的情况下，需要重复检测。幽门螺杆菌检测时，比如做呼气试验，如果是在短时间内，吃过H2受体阻滞剂或者PPI制剂，以及抗菌素时，此时检测是假阴性。因此，此时检测可能会出现阴性，但是实际上仍然是阳性的状态；
2、检测方法是否合适：如果血清学抗体检测会持续性的阳性，但是即便是幽门螺杆菌清除以后，呼气试验碳-14或者碳-13检测结果仍然是阴性，出现此情况是正确的，因为即便是在幽门螺杆菌清除之后，血清抗体的存在也会持续相当长的时间；
3、胃黏膜肠化：部分感染者幽门螺杆菌导致胃黏膜肠化、萎缩，或者是有胃溃疡、胃出血，此时胃内环境发生改变，不适合细菌再继续定植的情况下，有时细菌也会自行消失，但此时胃黏膜已经发生萎缩和肠化，已经成为了癌前病变的情况。