肛管炎一般通过良好的药物治疗，需要3-4周炎症才能得到初步控制。肛管是一个特殊的解剖部位，位于消化道的终末端，而肛管本身由于易受到大便的刺激和损伤，如果控制不佳，很容易形成局部的炎症反应。而且由于肛管部位有特殊的肛柱、肛豆等解剖结构，这些部位又容易积存一些大便，如果处理不当，很容易造成肛窦炎和肛管炎。
对于肛管炎，首先要控制大便，既要保持大便的柔软性，又要尽可能减少大便刺激，通过减少大便对肛管的损伤达到促进炎症恢复的目的。同时可以在进行治疗时，应用热敷或坐浴的方法，同时应用一些药剂清洗肛门，保持肛周的清洁，这对于控制炎症性疾病也非常有意义。
此外还可以在肛管内置入消炎类药膏，包括治疗痔疮的药膏，通过促进局部的血液循环，对炎症的缩小和症状控制也非常有帮助。因此出现肛管炎，一定要通过控制饮食并局部处理，才能达到一定的治疗效果。