如果是便秘和腹泻交替发生，常常反映肠道功能的紊乱，也有一些器质性疾病会发生腹泻和便秘的交替发生。这时候患者要做检查排除器质性疾病，比如像肠结核，肠结核经常会发生腹泻和便秘交替出现。如果排除这方面的疾病，有可能就是肠功能紊乱。
对单纯不伴有器质性疾病的肠功能紊乱，这时候调整肠道功能，在便秘的时候或者腹泻的时候对症处理。另外，适当使用一些减轻肠道的对内脏高敏性的药物，比如使用肠道钙通道拮抗剂，还可使用一些肠道活性菌群，给予一些正常益生菌，使得肠道的菌群维持于有利状态下，这样可以减轻肠道腹泻和便秘的交替发生。从治疗上讲，一 定要排除器质性疾病所导致的便秘和腹泻的交替出现，如果有器质性疾病，一定要及时治疗器质性的疾病。如果没有器质性疾病，可以使用解痉的药和益生菌，调控肠道的正常功能。