肺部曲霉菌感染的表现有几种类型，侵袭性肺曲霉菌病、孤立的曲霉菌球、侵犯到气管支气管、变态反应。
所以不同的疾病类型可能治疗手段不同，严重侵袭性肺曲霉菌病，要积极抗感染治疗，应用抗菌霉菌药物，括用伊曲康唑、伏立康唑等。
还要维护病人呼吸功能，因为严重侵袭性肺曲霉菌病，病人的呼吸功能有影响，可能有缺氧情况，要进行呼吸支持。如果是曲霉菌球，且没有严重症状，患者可能不需要立刻积极治疗。
但是有些病人可能会有症状，尤其可能会出现咯血，甚至致命性大咯血，可能会导致窒息，这种人要积极处理。
治疗方法也包括抗菌霉菌药物，甚至可能要止血治疗，也可能通过手术切除曲霉菌感染导致的空洞，才能够达到治疗的目的。
还有类似于哮喘样发作、变态反应性曲霉菌感染，要抗曲霉菌治疗，另要使用治疗哮喘的药物进行综合治疗。 所以不同的情况治疗方法不同，但多数情况下要使用抗曲霉菌药物。