幽门螺杆菌的治疗经历了很多种方法，过去通常采用三联疗法，即三种药物一起使用。现在因为细菌对很多抗生素产生耐药性，所以三联疗法的效果比较差，通常采用四联疗法，四联疗法即四种药物一起使用，包括一种抑酸剂、一种含铋制剂和两种抗生素，疗程是10-14天。需尽量选择抑酸作用好的药物，如艾司奥美拉唑或艾普拉唑等，抑酸效果越好，杀菌效果越好。
抗生素的选择要根据患者过去的用药情况，如是否有药物过敏史，还要根据细菌耐药情况进行选择，尽量选择副作用小、细菌耐药低、价格便宜的药物，如阿莫西林、呋喃唑酮等。如果患者对阿莫西林过敏，要选择其它药物。一定要坚持足疗程、足量用药，不能中途停药。此外，要到正规医院经过检查后，在专科医生指导下用药，用足疗程以后，可以考虑停药，停药一个月以后再去复查。