小儿的腰穿部位，一般是腰椎3、4椎间隙，或腰椎的4、5椎间隙。年龄越小，脊髓的位置越低，年龄＜1周岁时，一般是在腰4、5椎间隙进行穿刺。
一般发生脑膜炎、结核性病变等中枢神经系统感染时，要进行腰椎穿刺。腰穿相对较痛苦，一般医生会在小儿的皮下注射局麻药物利多卡因，但之后要用较长的腰穿针穿刺，看上去较为可怕。腰穿的过程中，要保持周围环境安静，并对环境进行消毒，消毒级别较高。建议家长不要轻易进治疗室，医生或辅助人员也不要轻易地来回走动。进行检查之前，玻璃管、 止血药物、止血棉球等都要事先准备和放置好。