梅杰综合征的治疗包括内科、外科治疗。早期梅杰综合征对患者的生活影响较小时，可口服药物治疗，常用药物包括安坦、氯硝西泮、巴氯芬、氟哌啶醇等药物。随疾病进展，如眼睑痉挛较为严重或出现明显口、下颌痉挛，影响患者生活质量时可考虑进行肉毒毒素注射治疗。肉毒毒素的注射需神经科专科医生经过特殊培训后才可进行，并且在肉毒毒素注射后患者可出现轻度面瘫，但痉挛症状可得到明显改善。肉毒毒素注射后在三个月以内有效，所以需长期、反复注射治疗。
当口服药物治疗、肉毒毒素治疗后效果不佳或不耐受反复肉毒毒素注射的患者可采用外科治疗。如脑深部电刺激手术，可使梅杰综合征患者的症状得到明显改善，并且长期有效。