任何手术术后都可能存在一定的后遗症，肛瘘手术也不例外。肛瘘手术常见的后遗症主要如下：
1、肛门溢液即流粪水；
2、肛周湿疹即肛周的皮肤起小疙瘩伴有瘙痒；
3、大便失禁或者不完全失禁，大便失禁是成形的粪便夹不住，不完全失禁是对于气体或者液体夹不住，走路或者运动的时候不自觉的会溢出一些东西；
4、极少数切口会有瘢痕，有一种麻、压痛的感觉，但是发生的机会往往都很少，往往是由于换药不及时或者术后没有注意休息，疏于局部的清洁、透气造成的。所以肛瘘手术以后一定要配合医生治疗，及时清洗创面、伤口，不能自己在家里随便擦点药，觉得擦干净了就可以了，因 为刀口很容易假愈合、粘连，所以一定要找正规的医生进行换药。