当患者出现支原体肺炎时，可以配合中药进行治疗，或者在比较轻症时用纯中药治疗，包括羚羊清肺、清肺抑火丸、清肺化痰丸、橘红痰咳颗粒。痰不好排出时，可以选用鲜竹沥液帮助清肺热、排痰。但是患者需进行中医辨证，如果辨证合适可以选用相应中药。
患者在疾病发展的后期，通常会咳嗽很久，此时病情并不重，但是慢性咳嗽的时间特别长，对气道的刺激反应较大，所以后期通过中医进行养阴的治疗较为关键。如果患者的支原体肺炎基本痊愈，出现慢性咳嗽时可以选用养阴清肺药物，如百合固金汤。如果出现咳血丝的 症状或机体清余热的能力不足，可以选用二母宁嗽丸清解余热，帮助残余痰液排出。