肝脓肿引流管拔除的标准是脓肿腔明显变小，感染已得到控制，没有明显的感染相关症状，包括腹痛、发热，验血指标基本正常，引流液基本消失或非常清亮。
肝脓肿的治疗包括抗炎、输液，大多数肝囊肿无需引流即可获得控制。但是对于较大的肝脓肿或治疗无效或感染症状较重的肝脓肿，需要通过穿刺引流将脓液引出到体外。同时进行脓液的细菌培养，筛选出敏感抗生素，进行药物调整，有助于感染的控制。
绝大多数的肝脓肿患者在引流之后，感染症状可以得到快速的控制。引流液早期为脓性，逐渐变成淡黄色的、清亮的液体，此时提示脓肿已经得到控制 。