对于男性尿道结石，如果在5mm以下，通过多喝水、多活动，大量排尿，大部分结石可以排出。如果不能排出，可以应用部分抗生素，减轻尿道的炎症水肿，也可以排出。如果依然不能排出，需借助膀胱镜或输尿管镜，经尿道外口观察尿道内结石后，利用激光进行粉碎并排出体外，也可以利用弹道碎石将结石粉碎以后排出体外，还可以选择用碎石钳将结石夹碎以后排出体外。
尿道结石不能排出多数由于结石不太光滑，比如草酸钙结石容易卡在尿道膜部。部分患者伴随尿道狭窄且既往有尿道扩张治疗病史，结石再次沉积在狭窄部位。在治疗尿道结石的同时，还应注意将狭窄部分治疗，将其切除后进行尿道再吻合，或者扩张尿道狭窄部位以后将结石取出。