人体的消化系统是各系统里所含器官比较多的系统，从食物进入口腔以后，唾液腺的分泌是一种消化功能，也可以属于消化系统。之后从咽喉部开始，食管、胃、十二指肠、小肠、空肠、结肠，结肠又分为升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠，之后是直肠、肛门，均属于消化系统器官。另外，两处重要的消化附属腺，即肝脏和胰腺，肝脏下方的胆囊也属于消化系统。
所以消化科所负责治疗的疾病包括食道的炎症、肿瘤、溃疡，胃和十二指肠溃疡、炎症、幽门螺杆菌感染、小肠病变、结肠病变、肝炎、胆囊炎、肝脏囊肿以及肿瘤等，包括胰腺炎、胰腺肿瘤，均属于消化内科 的疾病范围。不同的医院分科也不同，比如部分医院可能会将胃肠科和肝胆科单独区分。