目前大部分医院无痛胃镜和肠镜检查可以同时进行，通常30分钟即可完成检查。无痛胃肠镜指患者在进行胃肠镜检查时需要采取静脉麻醉，当静脉注入麻醉药后，患者处于睡眠状态下再进行胃肠镜操作，先进行胃镜检查，耗时在10-15分钟。等胃镜检查结束后，再进行肠镜检查。
肠镜检查的时间主要与患者肠道的情况有关，如果患者肠道走行正常，操作时间在15分钟左右。如果患者肠道冗长或是有腹部手术操作史时，肠镜操作相对困难，可能需要20-30分钟，待胃肠镜操作均结束后，麻醉师给患者注入促醒药物，即可认为检查结束。由于无痛胃肠镜时没有较大的疼痛感，患者能够耐受，因此在临床上接受度较高。