乙型脑炎病毒是一种人畜共患的自然疫源性病毒，约有60种动物可感染乙脑病毒，是本病在自然界中的动物宿主，而猪是导致人感染最重要的传染源。猪感染乙脑病毒3-5天可发生病毒血症，人被携带乙脑病毒的蚊子叮咬之后而导致感染。
蚊虫除了作为传播媒介外，也是病毒的主要宿主。现已证实库蚊、依蚊和按蚊的某些种类及三带喙库蚊是本病的主要传播媒介。所以要加强疫苗的广泛接种，大幅度减少乙脑病例，是预防和控制乙脑流行最有效的策略。同时在乙脑季节大力开展灭蚊行动，使用驱蚊剂或穿浅色长袖衣服，住所安装纱门和纱窗，避免蚊虫入内，均可减少乙脑的发生。