临床上使用的抗病毒滴眼剂较多，如阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶、羟苄唑滴眼液、利巴韦林滴眼液，以及重组人干扰素滴眼液、盐酸吗啉胍滴眼液等。阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液主要对DNA病毒有比较好的抗病毒效果，而羟苄唑滴眼液主要应用于RNA病毒感染。出现病毒性角膜炎时，通常建议应用的药物为阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液，因病毒性结膜炎引起红眼病时，也可以选择上述眼药水进行治疗。
此外，病毒感染的患者在临睡前建议选用抗病毒眼用凝胶进行治疗，临床上使用较为广泛的是更昔洛韦眼用凝胶。因病毒感染的病程较长，在使用过程中需按说明书坚持使用科学用量进行治疗。因此如果考虑患有病毒感染的结膜炎或角膜炎，应到眼科进行诊断并进行对症治疗。