输卵管系膜囊肿不完全影响怀孕。怀孕的成功与否有很多的因素有关，如男方因素、女方因素，而女方因素主要包括子宫、卵巢、输卵管的因素等。
输卵管具有拾卵，以及运送卵子的作用，如果输卵管出现囊肿，可能会影响输卵管的摆动，造成不孕，或者异位妊娠，所以输卵管囊肿会影响怀孕，但并不是决定因素，需要进行综合判断，全面了解不孕的原因，进而采取相应的手术干预。
如果备孕的妇女进行孕前检查时，发现出现2cm的输卵管系膜囊肿，这时可以试着同房进行试孕。如果3个月或者半年以后没有怀孕，或者出现异常症状，再到医院进行检查及治 疗即可。