甲硝唑可以用来治疗鼻窦炎。鼻窦炎常常因为厌氧菌感染导致，患者经常主诉鼻部流黏脓性、带臭味的鼻涕，推测大概是厌氧菌感染。而且甲硝唑对厌氧菌具有强烈杀菌作用。
从鼻窦的解剖而言，鼻窦往往窦腔较大，窦口相对狭小，在炎症状态下，窦口黏膜发生充血肿胀，造成窦腔成为死腔，容易激发厌氧菌感染。这种类型的鼻炎，选择抗生素时，加用甲硝唑会收到明显的临床效果。鼻窦炎在临床上很常见，表现为鼻塞、流涕、头疼，治疗方面首选抗生素配合甲硝唑治疗，中成药物的应用在鼻窦炎治疗中起到重要作用，如鼻窦炎口服液、鼻渊通窍颗粒、苍耳子胶囊等。鼻部滴药能缓解鼻 腔通气状态，缓解鼻腔炎症，常用的如呋麻合剂、羟甲唑啉，能够建立鼻窦通畅引流。所以鼻窦炎的治疗采取综合治疗，效果良好。