脑炎整个治疗疗程与感染部位、感染病原体以及有无并发症密切相关。一般病毒性脑炎治疗至少需要1-2周，重症病毒性脑炎，如单纯疱疹病毒性脑炎，治疗时间至少为3周，化脓性脑膜炎以及所有细菌性脑膜炎均应该坚持足疗程抗菌药物治疗。根据感染菌种不同，脑膜炎奈瑟菌治疗至少是7天，肺炎链球菌、流感嗜血杆菌至少是10-14天，金黄色葡萄球菌至少是14天，大肠埃希菌、李斯特菌治疗至少是3周。
当病原菌不明确时，需要结合临床疗效，建议至少进行2周的治疗。如果存在有其它部位病灶，即脑外病灶，或合并并发症，需根据具体情况决 定是否需要延长抗菌药物治疗的时间。其他感染如隐球菌脑膜炎，即真菌性脑膜炎，治疗一般是1-3个月，结核性脑膜炎至少是0.5-1年。因此，脑炎患者住院时间、治疗疗程与患儿个体情况相关。