导致喉咙在喝水时疼痛的原因可能为咽喉炎症、咽喉异物或咽喉肿瘤，具体如下：
1、咽喉炎症：若患有化脓性扁桃体炎、急性咽喉炎以及急性会厌炎，病人会感觉到吞咽时疼痛明显，甚至在喝水时痛到无法吞咽。出现上述情况时应给予抗炎的药物治疗，如头孢类、阿奇霉素类或喹诺酮类药物进行口服或静脉给药，同时局部可以使用激素类药物进行雾化吸入治疗以及含片、漱口水的治疗。将炎症完全控制后，喝水时即可恢复正常；
2、咽喉异物：若病人在吃鱼时扎到鱼刺或在吃鸡时被鸡骨头扎到咽喉部，则在饮水以及进行吞咽动作时也会出现明显疼痛。此时应前往医院进行治疗，当医生使用异物钳将异物取出后疼痛会立刻消失；
3、咽喉肿瘤：当出现扁桃体癌症、喉癌或下咽癌，肿瘤发生破溃时即可引起剧烈的疼痛。