系统性红斑狼疮是易影响全身多器官、多系统自身免疫性疾病。可影响皮肤黏膜、关节、肌肉、肺脏、心脏、肾脏、血液系统、消化系统、神经系统等，部分患者还可合并继发性干燥综合征、抗磷脂综合征、血栓性微血管病等。如果不及时治疗，可造成远期严重并发症和后遗症，如引起肾脏、肺脏、心脏功能衰竭。
如果影响到肾脏，可出现蛋白尿阳性、双下肢水肿、肾功能异常、肾衰竭，甚至需要透析治疗；影响到神经系统，严重可引起行为异常、精神异常甚至截瘫；如果影响到消化系统，可能会出现肝功能的严重异常；如果影响到血液系统，可出现血液系统的三系严重下降， 或白细胞、血红蛋白一系或两系下降。
系统性红斑狼疮最严重的并发症是感染和和脏器功能衰竭，感染多见于激素免疫抑制剂治疗的过程中，引起的血糖升高和自身免疫力下降。所以患者在用药过程中要监测血糖，避免感染，避免去人群聚集的地方。