男性尖锐湿疣多半长在龟头、尿道口、阴茎、阴阜部位，甚至在肛周、肛管内。典型症状为外阴生殖器出现凸起的异物，触感稍硬、表面呈刺状，建议到医院进行检查。对于包皮过长的男性往往在包皮内有白色的分泌物，往往擦掉包皮垢之后其内可见红色的小丘疹、小疙瘩，可能是早期尖锐湿疣的症状，所以男性包皮过长、有刺痒症状时要注意。
对于男性尖锐湿疣还要注意长在肛门周围和肛管内的尖锐湿疣，长在肛管内的尖锐湿疣如果是高危型造成，治疗不及时可能会引起肛门癌变，所以男性尖锐湿疣多半就是因为其生殖结构的原因，在洗澡的过程中前后的摸一摸，如果 长出疙瘩，尤其不安全性行为时，建议到医院进行检查是否有典型的菜花状、乳头状、鸡冠状的凸起。