脑分水岭梗死的辅助检查和其它脑梗死相同，首选检查是脑CT，因为需要确定是梗死还是出血，CT最直接、最容易进行鉴别。一旦病人出现出血，在CT上立即能够显影，显示出来是高密度改变。而对于脑梗死，尽管在CT上不能立即表现出梗死病灶，但可排除脑出血，对于治疗存在非常重要的意义，所以首选检查是脑CT。
若病人CT无显影，则需要进行头部磁共振检查，从而进一步明确。若检查结果显示两根血管交界区的梗死或分散梗死，考虑病人是分水岭梗死。其它方面的检查则是从病因方面寻找原因，查明病人是何种原因导致的脑分水岭梗死，如血液检查，检查血液成分 有无改变，如红细胞、血小板是否增多，以及凝血检查，如纤维蛋白原，还有其它血液检查，如血脂、血糖是否增高，并进行血液粘稠度检查。此外还有其它辅助检查，如颈部血管超声，检查病人颈部血管有无斑块、血管有无狭窄，亦为非常重要的检查。