根管治疗第一次最疼，由于在根管治疗时第一次要用牙钻将牙齿上打孔与根管连接。打孔后要清理发炎的牙髓、牙神经，在清理发炎的牙神经、牙髓的过程当中，如果牙神经还有一定的活力，进行拔髓或者进行扩大根管的过程中，没有完全坏死的牙神经会有疼痛的表现，因此在第一次根管治疗最疼。
患者第二次做根管预备时，此时发炎的牙神经已经被清理，整个的操作过程在根管内进行操作，一般不会有疼痛。而第三次的治疗是根管充填，在根管充填时有常规的冷牙胶充填，是使用牙胶尖配合根管糊剂充填，压实在需要充填的根管内，一般没有疼痛。如果是热牙胶充填，有时会有轻微疼痛，但这种疼痛比较轻微。