原发性肝癌的诊断方法，首先是通过询问病史，查看患者有没有乙型肝炎或者丙型肝炎的流行病史，同时查看有没有家族史，或者是过度的酒精摄入经历，询问症状、查体。如果是非常晚期的肿瘤，往往可以查体时摸到右上腹肝脏部位的结节或者肿块，但是并不是所有的肝癌患者都能够摸到肿块。还可以辅助现在的先进检查设备，包括彩超、CT、核磁共振或者是抽血，抽血监测包括肝炎指标，即乙型肝炎和丙型肝炎指标，还有肿瘤指标，对于肿瘤指标最准确的是检测甲胎蛋白或者癌胚抗原、糖类抗原等种类。
故可以通过询问患者的流行病史和既往史、查体，再辅助抽血、化验的指标，包括彩超、CTMRI或者是上述检查手段的组合，确诊原发性肝癌。