肝胆外科和肝胆内科主要区别是诊治的疾病不同，采用的治疗方法也存在较大的区别。肝胆外科主要是通过外科手术治疗肝胆系统疾病，肝胆内科主要是通过药物干预对疾病进行诊断和治疗。肝胆系统疾病种类较多，肝脏疾病包括肝脏炎症性疾病、脂肪肝、药物性肝损伤、自身免疫性肝病等。肝脏疾病也会发展成为肝硬化，合并门静脉高压症和消化道出血，或是发生各种良性或恶性的肿瘤性疾病等。
对于不同的肝脏疾病，治疗方法有较大的区别，医生所擅长的治疗方法也存在较大的区别。肝胆外科医生主要通过外科手术进行治疗，包括肿瘤性 疾病、内科性疾病合并外科并发症，比如消化道出血、胆道结石和息肉等。肝胆内科医生主要是判断引起肝损伤的原因，以及如何通过药物有效保护肝脏的功能、促进肝脏的再生、降低从慢性肝病发展成为严重肝病的风险。