甲状腺功能亢进症可以口服抗甲状腺药物进行治疗，包括甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶。通常首选甲巯咪唑，因为相较于丙硫氧嘧啶，甲巯咪唑导致肝功能损害的几率较小。口服抗甲状腺药物前应该检查患者的血常规和肝功能，如果正常，才可以放心使用。
如果部分患者确实存在使用口服抗甲状腺药物的禁忌证，可以选择放射碘-131进行治疗，通过口服碘-131将131碘浓聚在甲状腺，在其代谢时释放出β射线就可以达到破坏甲状腺并使其逐渐纤维化的作用，从而达到治疗甲状腺功能亢进症的目的。
采用任何药物治疗都应该密切监测甲状腺功能、血常规和肝功能，同时建议甲状腺功 能亢进症患者的饮食应该忌碘，少吃海带和紫菜。