经食道超声算特殊检查，不像经胸超声虽然都是对心脏结构和功能的判断，但是经食道超声是把探头经过口腔放入食道内来检查，经胸超声是把探头放在胸壁检查。经食道超声虽然不像胸超声那么舒服，要把探头经过口腔放到食道里，患者不舒服，但是更清楚地显示房室腔结构，不受病人肥胖、肋骨的影响。如病人特别胖，或者肺气肿，再有肋骨遮掩，特别瘦的人肋间隙比较小，这时看心脏结构，往往得不到很好的图像，经食道就不会受到这些干扰。
它主要是在心脏后方来观察心脏结构、房室腔的大小。所以图像更加清晰。如左 心耳血栓，经胸看不到，经食道超声可以看到，还有非常小的卵圆孔未闭等，小的房缺，经食道超声也可以显示得更加清楚。