皮脂腺囊肿的手术通常是在局部麻醉下进行，手术时会在皮脂腺囊肿的周围，浸润注射局部麻醉药物。临床上比较常用的局部麻醉药物是利多卡因，注射后即刻起效，达到手术区域没有疼痛的目的。但是在过程当中患者始终清醒，可以和医生进行沟通。在皮脂腺囊肿的表面皮肤上，往往可以找到针尖样的开口。所以在设计手术切口时，会以开口为中心，顺着皮肤纹理的方向设计梭形的切口，沿着切口从皮肤开始一直切到皮脂腺囊肿的包膜外。在见到包膜后，在包膜外面进行仔细的分离，最终将皮脂腺囊肿包膜，连同表面只有一条梭形的皮肤完整的切除。
皮脂腺囊肿在切除之后， 局部往往会遗留潜在的腔隙。如果腔隙比较大，手术医生会放置引流条。引流条的作用是 将腔隙当中的渗血、渗液及时的引流到伤口外面，预防在深部堆积影响伤口的愈合，引流条通常需要在术后24小时左右拔除。手术切口最后会进行分层次的缝合，达到比较好的美观效果。