细菌性痢疾如果采用灌肠的治疗方法，主要采取左侧卧位。因为细菌性痢疾主要的病变部位在直肠和乙状结肠，如果采取左侧卧位，注射药物可以很好达到病变部位。灌肠主要针对慢性细菌性痢疾，而慢性细菌性痢疾一般是急性菌痢如果没有及时治疗，或者疗程不够转为慢性。一般是病程在2个月以上，患者出现持续的病情不好转或者间断的、反复的急性发作。
经过长期的或者小剂量长疗程的抗菌药物治疗之后，患者病情仍然不能够缓解，这时可以考虑应用灌肠的治疗方法，也可以应用盐酸小檗碱类的药物稀释后进行灌肠。通常是在100-200ml稀释液里，加上药物保留灌肠，保留的时间一般在20-30分钟，所以会选择比较好的体位，让局部灌肠的药物能够更好达到病变部位，这样才会起到比较好的治疗效果。