甲巯咪唑不会造成体重增加，不会引起肥胖。很多甲状腺功能亢进症患者使用甲巯咪唑期间体重增加，误认为是甲巯咪唑是激素造成体重的发胖，实际上甲巯咪唑通过抑制甲状腺工厂合成甲状腺激素，起到改善甲状腺功能亢进状态，通过改善甲状腺功能亢进患者的病情，甲亢患者代谢会逐渐的由高代谢的状态恢复正常，这样高代谢引起的体重下降就会明显减轻，体重会恢复。
但是有些甲亢患者在服用甲巯咪唑期间，如果没有注意饮食，吃的过多，又缺乏体力活动，不注意锻炼，这样热量消耗少，过多的热量就以脂肪的形式储存在体内，造成体重增加。服用甲巯咪唑期间，如果没有掌握好剂量，没有在医生指导下定期复查甲状腺激素水平，有可能出现药物过量，造成药物性甲减，药物性加减会造成代谢减慢，代谢减慢有可能出现体重增加，但是如果在医生的指导下定期复查甲状腺激素水平，及时调整甲巯咪唑的剂量，就不会造成药物性甲减，使得体重有一定增加。