经食管超声心动图检查过程中会有一定不适，但完全可以耐受。经食管超声检查是超声心动图检查的重要组成部分，是经胸超声心动图的重要补充。一般在患者经过经胸超声心动图检查后仍然无法明确诊断，或患者本身不适合经胸超声心动图检查时，可以进行经食管超声心动图检查。经食管超声心动图检查与胃镜有点类似，但也有很大不同，相似的地方是检查时都需要经过口咽。
检查之前先会让患者服用局麻药物，如丁卡因胶浆或利多卡因胶浆，起到麻醉患者咽部的效果，减少插管时的不适。现在还开展了无痛经食管超声，在患者服用局麻药物之后，再通 过静脉给予患者镇静药物，可以达到患者检查时不适大大减轻，甚至有些患者在检查之后对检查过程完全没有感觉，这样可以达到舒适化诊断。