小儿腮腺炎多数是腮腺炎病毒引起的流行性腮腺炎。由于腮腺炎病毒对于腺体组织和神经组织具有高度的亲和性，可使多种腺体发生炎症改变，比如腮腺、舌下腺、颌下腺、胰腺、生殖腺等，也可侵入神经系统，导致严重的神经病变。如侵入中枢可并发脑膜脑炎，表现为发热、头痛、呕吐或侵犯脑实质，可出现嗜睡、抽搐、昏迷，可能遗留后遗症，甚至死亡。
病毒侵犯男孩睾丸，可出现单侧或双侧睾丸肿痛，约1/3病例发生不同程度的睾丸萎缩，可能导致不育症；侵犯青春期女孩卵巢可出现下腹痛、月经不调；侵犯胰腺可合并胰腺炎，表现为上腹疼痛；侵犯听神经不易被发现，可能造成永久性 耳聋。