胃肠道穿孔手术方式包括穿孔修补和根治性手术，具体如下：
1、穿孔修补：对于情况比较差、合并有多种基础疾病及穿孔时间比较长，超过8-12个小时的患者，或者腹腔炎症比较重、胃肠壁局部炎症重，合并有水肿厉害的患者，容易出现术后并发症，即容易出现吻合口瘘，故通常选择穿孔修补；
2、根治性手术：对于情况比较好、没有基础疾病、穿孔时间比较短，在8-12个小时之内、腹腔以及局部的炎症不是很严重的患者，可以选择根治性手术。消化性溃疡穿孔的根治性手术即是进行胃大部切除，可以同时切除穿孔以及溃疡的好发部位，以达到治疗溃疡的目的。