双侧肾积水发病率约为10%，小儿双肾积水特别是新生儿双肾积水，存在自行改善的可能。大多数患儿只需要保守治疗，饮食方面多注意，积极复查B超和肾功能即可，根据积水变轻还是加重来缩短或延长复查间隔。但对于总肾功能正常的重度双肾积水，先手术治疗相对较重侧的肾积水，再治疗较轻一侧的肾积水。
肾积水治疗经验丰富的手术医生亦可同时行双侧肾积水手术，减少手术次数、减轻患儿痛苦，同样也可减轻家庭负担。如患儿双侧肾积水同时伴总肾功能不全，则可先行双侧肾穿刺或开放造瘘术，先缓解肾脏功能，待肾功能恢复后针对病因进行手术治疗。